【2021最新】生物信息学常用软件推荐及使用指南

1. BLAST+

BLAST+ 是生物信息学领域中最常用的序列比对软件之一。它可以快速比对输入的DNA、RNA或蛋白质序列与已知数据库中的序列，并给出比对结果的相关统计信息。BLAST+ 的设计目标是提供更高的比对速度和更准确的结果。

2. Bowtie2

Bowtie2 是一款用于比对测序数据的引物设计和序列比对软件。它支持DNA和RNA序列的比对，并具有较高的比对效率和灵敏度。Bowtie2 主要用于基因组比对、转录组比对和变异检测等领域。

3. Cufflinks

Cufflinks 是一款用于分析转录组测序数据的软件。它可以根据测序数据构建基因组注释和转录组图谱，并对基因表达水平进行定量分析。Cufflinks 还可以检测已知和新发现的转录本，并提供相关的统计信息和可视化结果。

4. GATK

GATK（Genome Analysis Toolkit）是一款广泛应用于基因组数据分析的软件包。它提供了一系列的工具和算法，用于变异检测、基因型估计、群体遗传学分析等领域。GATK 是生物信息学研究中必备的工具之一。

5. R/Bioconductor

R 是一种广泛应用于统计分析和数据可视化的编程语言，而Bioconductor 是一个基于 R 的生物学数据分析平台。Bioconductor 提供了大量的生物信息学软件包和分析工具，可以用于基因表达分析、数据挖掘、功能注释等多个方面。

6. Galaxy

Galaxy 是一个基于web的生物信息学工作台，提供了丰富的生物信息学工具和分析流程。它的特点是用户友好、易于使用，无需编程即可进行复杂的生物信息学分析。Galaxy 还支持数据的共享和协作，方便用户之间的交流和合作。

7. NCBI工具箱

NCBI（National Center for Biotechnology Information）提供了一系列的生物信息学工具，包括BLAST、Entrez、Genome Data Viewer等。这些工具可以用于序列比对、基因注释、基因组浏览等多个方面，是生物信息学研究和数据库查询的重要工具。

8. MEGA

MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一款用于分析分子进化和遗传关系的软件。它可以进行系统发育树构建、序列比对、遗传距离计算等分析，广泛应用于生物进化和种群遗传学研究。